產(chǎn)品介紹
全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。與常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序相比，全轉(zhuǎn)錄組測序通過去除rRNA進行的建庫和測序，可以同時獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息，并對其進行聯(lián)合分析ceRNA分析，解析 RNA 分子間通過競爭結(jié)合 microRNA（miRNA）而形成的調(diào)控網(wǎng)絡，為理解基因表達調(diào)控的復雜性提供了新視角。它將 mRNA、lncRNA、circRNA 等不同類型的 RNA 整合到統(tǒng)一的調(diào)控網(wǎng)絡中，是當前非編碼 RNA 功能研究和疾病機制探索的重要手段，尤其在精準醫(yī)學和靶向治療領域具有廣闊應用前景。
1.兩文庫全轉(zhuǎn)錄組測序：LncRNA+miRNA
（1）采用去核糖體鏈特異性建庫方式，進行PE150測序，實現(xiàn)lncRNA、mRNA、circRNA鑒定和定量、以及功能分析；
（2）采用富集小RNA片段建庫方法，進行PE150測序，實現(xiàn)miRNA、siRNA以及piRNA鑒定和定量，以及功能分析等；
2.三文庫全轉(zhuǎn)錄組測序：LncRNA+miRNA+ CircRNA
（1）采用去核糖體鏈特異性建庫模式，進行PE150測序，實現(xiàn)lncRNA、mRNA、鑒定和定量、以及功能分析；
（2）采用去除線性RNA，富集環(huán)狀RNA建庫方法，進行PE150測序，實現(xiàn)對低豐度的環(huán)狀RNA鑒定和定量及功能分析；
（3）采用富集小RNA片段建庫方法，進行PE150測序，實現(xiàn)miRNA的鑒定和定量，以及功能分析等；
以上兩種模式，還可以實現(xiàn)互作網(wǎng)絡分析，以及內(nèi)源競爭性RNA鑒定和網(wǎng)絡分析。
技術優(yōu)勢
? 全面性：同時檢測多種RNA類型，避免單一RNA 測序的局限性，能更系統(tǒng)地解析轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制
? 高分辨率：可檢測低豐度 RNA、可變剪接、RNA編輯等細微變化
? 高通量：一次實驗可獲得海量數(shù)據(jù)，適合大規(guī)模樣本分析
? 互作網(wǎng)絡構(gòu)建：預測 lncRNA-miRNA、circRNA-miRNA、miRNA-mRNA 等相互作用，構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡
? 適用物種條件：動物、植物，同時需要有參考基因組和完整注釋文件
樣本要求
動物組織 | 實質(zhì)臟器組織≥200 mg（脂肪、皮膚、骨頭等RNA含量較低組織≥2 g） |
植物組織 | 嫩葉根莖花果實≥500 mg |
動物細胞 | ≥10?個 |
人全血PAXgene采血管 | ≥2管，按照PAXgene采血管使用說明操作即可 |
真菌菌體/菌絲 | ≥2*10?個/500mg |
全血trizol法 | 新鮮采集≥5 ml |
RNA | 總量≥5 μg |
檢測平臺
Illumina NovaSeq X Plus
應用方向
? 基礎研究：解析基因表達調(diào)控網(wǎng)絡、細胞分化與發(fā)育機制、非編碼 RNA 的功能等
? 疾病研究：尋找疾病相關的 RNA 標志物（如癌癥、神經(jīng)退行性疾病），探索疾病發(fā)生發(fā)展的分子機制
? 藥物研發(fā)：篩選藥物靶點，評估藥物對轉(zhuǎn)錄組的影響，優(yōu)化藥物療效
? 農(nóng)業(yè)領域：研究作物抗逆性、品質(zhì)相關基因的表達調(diào)控，助力品種改良
案例應用
1. LncRNA H19/miR-675 axis drives metabolic reprogramming and therapeutic resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma.2023.Nature Communications【IF=17.69】
2. LncRNA MIR155HG/miR-155-5p axis shapes tumor immune microenvironment by regulating PD-L1 expression in triple-negative breast cancer.2022.Advanced Science【IF=25.476】
3. Deep annotation of long noncoding RNAs by assembling RNA-seq and small RNA-seq data.2021.Nucleic Acids Research【IF=19.16】
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